たとえばウチの「かんたん電子書籍作成」　http://books.doncha.net/epub/ で、EPUBファイルを作って、それを編集加工したい場合、「EPUBファイルを解凍」「編集加工」「EPUBファイルに再び圧縮する」ということになる。

※ EPUB3ファイルといっても、ZIPで圧縮したものなので、解凍は簡単。

（「かんたんEPUB3作成easy_epub」 にはEPUB3にzipで再圧縮するオプションも付属してるので、そちらで制作すればもう少し簡単！）

ファイルを編集加工した後、再び圧縮するときにひっかかるのが、「mimetype というファイルを EPUB3ファイルの先頭に、無圧縮で（圧縮せずに）配置すること」

mac はデフォルトで入っている、コマンドラインの zip が対応しているが、WINDOWSはデフォルトでは無理なので、適当な圧縮ソフトを探す必要がある。

ちょっと探したところ「解凍ソフト 7-Zip」というのが見つかった。これはとても便利・簡単でびっくり。（有用なソフトをありがとうございます）

http://sevenzip.sourceforge.jp/

↑こちらのサイトからダウンロードしてインストールすればOK。

インストールされたフォルダの中の「7zFM.exe」をダブルクリックするとエクスプローラ風の画面が立ち上がる。直観的に何をすればいいのかわかる、よく考えられたUIだ。

ファイルを（拡張子をzipにして）解凍し編集が済んだら、7zFMの画面でEPUB3ファイルを解凍したフォルダを開く。

まず、mimetypeを選択して、7zFMの「追加」をクリックする。

圧縮先に、たとえば「newbook.epub」／書庫形式は「zip」／圧縮レベルは「無圧縮」

次に、META-INF と OEBPS を選択して、7zFMの「追加」をクリックする。

圧縮先はmimetypeを入れた「newbook.epub」／書庫形式は「zip」／圧縮レベルは「標準」

これでEPUB3ファイルの再圧縮が終了。念のため、kindlegenでmobi化して確認。

macは適当なフォルダにepub3ファイルをもってきて解凍。ターミナル.appを立ち上げて、解凍したフォルダに移動したらunzipで解凍する。（以前にも書いたけど、拡張子をzipに変えて、ダブルクリックで解凍しようとしてもmaｃはcpgzという拡張子のファイルを作るだけなので注意）

unzip original.epub

ファイルの編集加工が済んだら以下のコマンドライン。

zip -0 -X newbook.epub mimetype

↑無圧縮でmimetypeを格納する（アルファベットのオーではなく、数字のゼロ）

zip -r newbook.epub META-INF/*

zip -r newbook.epub OEBPS/*

↑残りを全部圧縮して格納する

EPUB3を作るソフトや、ウチのようなWEBサービスで、EPUB3を作ったけど、ちょっともの足りない（特にウチは単純なので）と思った時に、ファイルを直接編集して気軽に自分の好きなようにいじって戻すことができるのもEPUB3のメリットだと思う。

[02/16 09:16:29]追記。

EPUBのファイルをzipで梱包するときの約束事

・mimetype はzipファイルの先頭に配置すること

・mimetypeは圧縮しない

この２点。

[02/28 09:42:05]追記。

コメント欄に、EPUB梱包に特化した便利なWINDOWS用ツールをご紹介いただきました。そちらもどうぞ！

[12/02 09:38:06]追記。

Windowsでコマンドライン版のzipをインストールするとお手軽かも知れない。

http://www.forest.impress.co.jp/docs/review/20111206_496043.html

↑gow というパッケージをインストールするとzip.exeも入っている。

・epubを解凍したフォルダを開いて、Shiftキー＋右クリックで「コマンドウィンドウをここで開く」

・cmdでepubを解凍したフォルダまで移動（cd）する

どちらかの方法で、epubを解凍したフォルダでコマンドプロンプトを使う。

zip -0 -X test.epub mimetype

↑無圧縮でmimetypeを格納する（アルファベットのオーではなく、数字のゼロ）

zip -r test.epub META-INF/*

zip -r test.epub OEBPS/*

↑残りを全部圧縮して格納する